Qu'avez-vous envie de regarder ce soir ?

L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?

La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".

L'oncle de Sonoko Suzuki, Jirokichi, a invité Conan et ses amis dans le plus grand dirigeable au monde, le Bell Tree, où se trouve un diamant d'une valeur inestimable. Tout ceci n'est que ruse afin de pouvoir enfin capturer le célèbre Kaito Kid. Mais de mystérieux terroristes armés jusqu'aux dents font irruption, et injecteront un virus mortel dans le dirigeable si leurs requêtes se sont pas satisfaites. Conan et ses amis sont piégés, commence alors une bataille pour survivre ! Pourront-ils sortir de cette situation ?

Lors d'une visite d'inauguration de la Bell Tree Tower du groupe Suzuki, Conan assiste impuissant au meurtre d'un guide, tué d'une balle de MK-11. Se lançant à sa poursuite, Conan rencontre Masumi Sera qui le guidera jusqu'a un port et lui sauvera la vie. En même temps, le sniper élimine plusieurs voitures de polices et se trouve poursuivie par le trio d'agent du FBI, Camel, Jodie et James.

Il y a une explosion soudaine au bord géant des installations océaniques du sommet de Tokyo. L'ombre de Tōru AMOURO, qui travaille pour le Bureau de sécurité de l'Agence nationale de police comme Zéro, apparaît sur le site. En outre, le "triple-face" du personnage connu comme Rei FURUYA en tant que détective et apprenti de Kogoro Mouri, et il est également connu comme Bourbon , membre de l'organisation des hommes en noir. Kogorô est arrêté comme suspect pour l'explosion. Conan mène une enquête pour prouver l'innocence de Kogoro, mais AMOURO se met sur son chemin.

Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodéfense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X").

Le quartier de Shibuya à Tokyo bat son plein pour la saison d'Halloween. La détective Miwako Sato est en robe de mariée devant un parterre d’invités, dont Conan bien sûr ! Soudain, un agresseur fait irruption dans la salle de réception et le détective Wataru Takagi, est blessé en tentant de protéger Sato. L’image de la Faucheuse qu’elle avait alors vue au-dessus du détective Matsuda plane désormais sur Takagi. Au même moment, voilà que l'auteur de l’explosion responsable de la mort de Matsuda s'évade de prison. Piégé par une mystérieuse personne déguisée, le détective Rei Furuya se retrouve avec une bombe autour du cou. Conan le retrouve dans l'abri souterrain où il se cache pour essayer de désarmer la bombe et là, ce dernier lui raconte les détails d'un incident ayant impliqué ses camarades de classe de l'académie de police : 3 ans plus tôt, ils ont rencontré un poseur de bombes nommé «Plamya» à Shibuya.

Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, une jolie jeune femme blessée et seule est trouvé par Conan et ses amis à un aquarium à Tokyo. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver sa mémoire. La scène est observée par Vermouth

Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d’ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors apprend qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne l’Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara…

Un jour de décembre, le gouverneur Asakura, qui a été réélu comme Gouverneur de Tokyo, reçoit une mystérieuse lettre d'avertissement. Celle-ci menace de faire sauter le tout nouveau tunnel souterrain municipal qu'il doit inaugurer le lendemain. Heureusement, Conan en entend parler par Kogoro, et en voyant une mystérieuse personne dans le tunnel, il arrive à prévenir les passagers du train et il n'y a aucune victime après l'explosion de plusieurs bombes. La police a beaucoup de mal à désigner un suspect, mais une autre construction initiée par Asakura est menacée. Qui est le poseur de bombes et l'assassin d'Hikawa ? Qu'est-il vraiment arrivé au fils de Fuyumi ? Conan et les détectives boys veulent résoudre ces mystères, mais attention ! Quelqu'un les suit à la trace, et en montagne, si on reste quinze minutes sous une avalanche, on meurt ! De nombreux dangers les attendent ! Sauront-ils les surmonter ?

Ran, Conan, Kogoro et les Détectives juniors sont invités à se rendre dans un tout nouveau parc d'attraction. Sonoko, grâce à sa situation familiale, est aussi de la partie. Mais si Kogoro est présent c'est avant tout pour résoudre une affaire. On remet tout d'abord à chaque invité un bracelet électronique qui est un pass pour toutes les activités, il est actif jusqu'à 22h, heure de fermeture du parc. Tandis que les autres partent profiter du parc, Conan et Kogoro sont mis au courant de l'enquête à résoudre. Néanmoins ce mystérieux client ne leur facilite pas la tâche et le nombre d'indices est restreint.

Un attentat à la bombe frappe en automne le siège de Nichiuri TV où a lieu la coupe Satsuki, un concours national de jeu de cartes karuta. L'incident provoque une grande agitation et, alors que le bâtiment brûle, les seules personnes restées à l'intérieur sont Heiji et Kazuha. Ils sont sauvés in-extremis par Conan, qui se précipite sur les lieux. L'identité et les buts du terroriste sont inconnus.

A Singapour, Conan enquête sur un meurtre perpétré dans un hôtel de luxe. Les premières pistes mènent alors le détective sur les traces du Blue Sapphire, un joyau disparu au fond de l'océan durant 19ème siècle lors d'un tragique naufrage.

Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte un lien entre les événements et la police. Mais voilà que l'inspecteur Satô se fait tirer dessus ! Ran se trouve par hasard sur les lieux. Elle est tellement choquée qu'elle en perd la mémoire… Et ce n'est pas tout : le meurtrier n'en veux qu'à une seule cible : Ran !! Sachant le danger qu'elle court, Conan vole au secours de Ran et s'engage seul dans l'enquête…

Un jour, Kogorô reçoit à l'agence un coup de téléphone. Au bout du fil, une personne qui lance un avertissement concernant l'explosion d'une bombe. À la fin du message, l'auteur laisse un code "Le Garçon en Bleu et Le Zèbre Bleu, La pluie venant d'en haut...". Si Conan arrive à déchiffrer ce code, il pourra stopper la bombe. C'est une nouvelle aventure qui commence pour Conan et les Détectives Boys. L'histoire prendra place dans un stade, lors d'une rencontre de foot entre l’équipe des Tôkyô Spirits, de Hideo Akagi, et celle des Big Ôsaka de Ryûsuke Higo.

Conan Edogawa entreprend d'appréhender Lupin III, le suspect du vol d'un bijou appelé Cherry Sapphire. (Une suite de l'émission spéciale Lupin le troisième contre le détective Conan, 2009).

Suite au décès accidentel et précoce de la reine Sakura et son fils Gilles, la princesse Mira se retrouve à être la principale prétendante à la succession au trône de Vespania de son défunt frère, une monarchie estimée pour un minerai spécial. Durant son voyage au Japon, après avoir échappé à une tentative d'assassinat lors d'une réception à laquelle étaient conviés Conan et le détective Kogouro Mouri, la princesse Mira fait la rencontre de Ran, la fille de Mouri qui est son sosie parfait. Elle profite donc de cette occasion pour échanger sa place de princesse avec cette dernière afin d'échapper à cette vie de souveraine. De l'autre côté, Jigen et Lupin parviennent à infiltrer les coulisses du royaume de Vespania afin de s'emparer de la couronne de la reine qui n'est rien d'autre que le trésor le plus précieux de ce pays. Ainsi, tout le monde se retrouve embarqué dans l'affaire relative au décès de la reine et du prince de Vespania.

Il y a six ans s’est déroulé un drame durant lequel des centaines de personnes dotées de pouvoirs surnaturels ont trouvé la mort, officiellement par suicide. L’agence de détectives est aujourd’hui chargée de capturer un certain Tatsuhiko Shibusawa que l’on soupçonne d’être impliqué dans cet étrange phénomène. Tous ceux possédant des pouvoirs sont désormais menacés par un ennemi doté d’une puissance jamais vue jusqu’ici. La ville de Yokohama plonge ainsi dans la terreur.

Ce film d'animation va conclure les événements de la troisième saison sur le cas des "Foxes" poursuivis par l'Unité 1, le mystère du Bifrost ainsi que la bataille opposant Arata à Kei. A noter que le début du film sera une compilation de la troisième saison.

Dans le monde bien ennuyeux des Shinigamis, une rumeur circule. L'un d'entre eux aurait vu des choses intéressantes dans le monde des humains! Plus curieux que la moyenne un des Dieux de la Mort part à la recherche de celui que l'on nomme Ryuk. En échange d'une pomme bien sèche, ce dernier se met à raconter son histoire: celle de Light Yagami, un homme qui voulait devenir Dieu…